Dieci anni dopo fu inviato come missionario in Estremo Oriente. Passò dal Messico alle Filippine e infine al Vietnam del Nord. Nel 1803 divenne vescovo di Phunhay, in Vietnam. Nel 1831 l'imperatore vietnamita proibì ufficialmente il cattolicesimo e perseguitò severamente la Chiesa.
Interi villaggi furono mandati in esilio; i sacerdoti furono arrestati e sottoposti alle più terribili torture prima di essere uccisi. Chi aiutava a catturarli veniva riccamente ricompensato. Il vescovo Henares fu arrestato e decapitato a Nam Dinh il 25 giugno 1838; i soldati e gli abitanti dei villaggi che parteciparono al suo arresto ricevettero un generoso compenso.
San Domenico Henares è uno dei circa 130.000-300.000 cattolici martirizzati per la fede in Vietnam tra il XV e il XX secolo. Sono stati canonizzati insieme da Papa Giovanni Paolo II nel 1988. La festa di San Domenico Henares è il 25 giugno, mentre la memoria collettiva dei 117 martiri vietnamiti è il 24 novembre.